Aflatoxíny sa vytvárajú metabolizmom plesní Aspergillus flavus a parasiticus, sú karcinogénne a oslabujú imunitný systém. Najdôležitejšie prírodne sa vyskytujúce aflatoxíny sú B1, B2, G1 a G2. Z tých je najbežnejší a najsilnejší aflatoxín B1. Limité koncentrácie, ktoré sa majú sledovať v koreniach, sú napíklad 5ppb pre aflatoxín B1 a 5ppb pre súčet aflatoxínov B2, G1 a G2. V oriech sú limity 1ppb pre B1 a 5ppb pre súčet aflatoxínov B2, G1 a G2.
Mykotoxíny sa izolujú z matrice kvapalinou/kvapalinou extrakciou. V prípade kritických matric sa používa krok extrakcie v tuho-fázovej formáci. Chromatografujú sa na silikágeli, súveačasne eluovaná matrica sa najprv odstráni prechromatografiou dietyléterom, potom sa mykotoxíny separujú chloroformom - acetónom - vodou. Denzitometrické hodnotenie sa vykonáva meraním fluorescencie pri 366/>400 nm. Pozitívne výsledky možno potvrdeniu ďalším prechromatografickým derivatizáciou.