Systémy dekontaminácie odpadových vôd (Effluent Decontamination Systems, EDS) využívajú teplo, tlak a riadený expozičný čas na sterilizáciu biologicky nebezpečnej odpadovej vody pred jej vypustením. Na rozdiel od systémov chemickej dekontaminácie nevyžadujú tepelné EDS pridávanie chemických sterilizačných činidiel do odpadového prúdu. Možno ich pripojiť k laboratórnym drezom, umývacím vaniam, odpadovému potrubiu, sprchám, sterilizátorom a ďalším zariadeniam, ktoré produkujú potenciálne kontaminovaný kvapalný odpad.
Vhodný systém závisí od zloženia a objemu odpadovej vody, od prítomnosti nerozpustených látok, od požadovanej úrovne biologickej bezpečnosti (BSL) a od dostupného priestoru na inštaláciu a prípojok médií. Vsádzkové systémy zhromažďujú a sterilizujú definovaný objem odpadovej vody, zatiaľ čo prietočné systémy upravujú kvapalinu pri jej prechode zariadením. Pre jednotlivé drezy, prístroje alebo menšie laboratórne postupy sú k dispozícii kompaktné jednotky na spracovanie v mieste vzniku.